L’Agence Régionale pour l’Agriculture et l’Alimentation devient opérationnelle dans un contexte marqué par l’accélération de la mise en œuvre de l’ECOWAP et de plusieurs initiatives qui la sous-tendent. En effet, après la validation des PNIAs et du PRIA, pour lesquels la CEDEAO et les Etats ont réussi à mobiliser des ressources substantielles pour leur mise en œuvre, la Commission les a décliné en programmes opérationnels. Parmi ceux-ci figurent (i) : les instruments de politiques publiques (intensification, régulation des marchés et filets sociaux de sécurité pour les populations les plus vulnérables), (ii) offensive riz, programme Régional d’Hydraulique Villageoise Améliorée (PRHVA), lutte contre la mouche des fruits, (iii) initiatives nouvelles, notamment celle relative à « Faim Zéro », programme aviculture villageoise). La mise en œuvre de tous ces programmes est confiée à l’ARAA.

A l’instar des jeunes structures de son envergure, l’ARAA, doit relever un certain nombre de défis d’ordre institutionnel et organisationnel. Le premier est d’ordre institutionnel. L’Agence se doit de se doter des instruments et outils de planification et de gestion, performants pour renforcer ses capacités d’action, sa crédibilité auprès non seulement des acteurs régionaux, mais aussi des partenaires qui lui apportent leur assistance technique et financière. Le second défi porte sur le pilotage et la coordination des programmes et projets mise en œuvre par les partenaires au développement de la région. Cette coordination constitue également un challenge en raison des différences de procédures appliquées par les partenaires, la nature des programmes (soft et hard), les démarches pour leur mise en œuvre et du niveau de représentation des partenaires au niveau de l’ARAA. Cette situation implique en effet le déploiement des capacités spécifiques de coordination et une adaptation de l’organigramme de l’ARAA à cette montée en puissance de l’institution.