A Agência Regional da Agricultura e Alimentação torna-se operacional num contexto marcado pela aceleração da implementação do ECOWAP e de várias iniciativas que o sustentam. De fato, após a validação das PNIAs e PRIA, onde a CEDEAO e os Estados Unidos foram capazes de mobilizar recursos substanciais para a sua implementação, a Comissão declinou-as nos programas operacionais. Entre estes estão incluídos (i) instrumentos de política pública (intensificação, a regulação do mercado e redes de segurança social para as populações mais vulneráveis), (ii) ofensiva arroz, Programa Regional melhorado de água da aldeia (PRHVA), luta contra a mosca-das-frutas, (iii) novas iniciativas, em especial as relativas ao "Fome Zero", programa de avicultura de uma aldeia. A implementação de todos estes programas é confiada à ARAA.

Tal como as estruturas jovens do seu tamanho, a ARAA enfrenta vários desafios institucionais e organizacionais. O primeiro é institucional. A Agência deve desenvolver os instrumentos e ferramentas para o planeamento e desempenho da gestão para fortalecer a sua capacidade de acção, a credibilidade não só com os actores regionais, mas também parceiros que trazem sua assistência técnica e financeira. O segundo desafio diz respeito ao direcionamento e coordenação de programas e projetos implementados pelos parceiros de desenvolvimento da região. Esta coordenação é também um desafio por causa de diferentes procedimentos aplicados pelos parceiros, a natureza dos programas (moles e duros), os passos para a sua implementação e o nível de representação dos parceiros no ARAA. Esta situação implica a implantação de capacidades específicas de coordenação e uma adaptação do organograma da ARAA a este crescimento da instituição.